Aunque nació en Berkeley, se crió en Cambridge, población muy cercana a Boston, Massachusetts, donde conoció a otro aspirante a actor, Matt Damon, con quien mantiene una estrecha y duradera amistad.

Affleck el salto definitivo en la industria de Hollywood se produjo cuando protagonizó junto a Matt Damon, Minnie Driver y Robin Williams el drama dirigido por Gus Van Sant "El indomable Will Hunting" (1997), escrito por la pareja Affleck/Damon, quienes conseguirían un Globo de Oro y un Oscar al mejor guión original del año.

Al final de los 90 su posición de estrella se consolidó con títulos comerciales como "Armageddon" (1998), thriller de acción dirigido por Michael Bay, o "Shakespeare in love" (1999), oscarizada película de John Madden que contó con el protagonismo de Joseph Fiennes y Gwyneth Paltrow.

Ben es, además, un hábil jugador de póker y regenta habitualmente los eventos locales. Fue instruido en el mundo del póker por profesionales como Amir Vahedi o Annie Duke. Ganó el campeonato de Póker de California el 20 de junio del 2004, clasificándose para la final del campeonato del mundo. En el 2007 debutó como director con la película Adiós, pequeña, adiós protagonizada por su hermano pequeño Casey Affleck y basada en una novela de Dennis Lehane (Mysitc River) que ha recibido una muy buena acogida por parte de la crítica.